Palach se je za protestno dejanje odločil 16. januarja 1969. Avgusta leto prej so združene sile Varšavskega pakta pod vodstvom tedanje Sovjetske zveze vkorakale v tedanjo Češkoslovaško in s tanki zatrle Praško pomlad, reformno gibanje, ki ga je začela vlada Aleksandra Dubčka. Pred očmi javnosti se je Palach na Vaclavskem trgu polil z bencinom in prižgal vžigalico. Tri dni kasneje je umrl v bolnišnici za posledicami hudih opeklin. Opečene naj bi imel več kot 80 odstotkov kože.
S tem dejanjem je skušal javnost spodbuditi k odporu proti "normalizaciji" sovjetske okupacije. Več javnim osebam je poslal pismo, v katerem je napovedal, da mu bo protestno sledilo še več ljudi, dokler se ne bo končala cenzura v državi. In res mu je potem v naslednjih tednih in mesecih sledilo še 26 mladeničev. Sedem jih je za posledicami samosežiga tudi umrlo. Kot navaja nemška tiskovna agencija dpa, je bilo Palachovo dejanje "vžigalica", ki se je razplamtela v simbol odpora proti komunističnemu režimu. Že njegov pogreb 25. januarja 1969 se je sprevrgel v množično manifestacijo proti sovjetski okupaciji. A vendarle je tudi to vstajništvo kmalu zamrlo; sovjetski tanki in tudi zamenjava Dubčka z Gustavom Husakom aprila 1969 so utišali še zadnje kritike, med Čehe in Slovake se je naselil strah. Šele 20 let kasneje, leta 1989, je obletnica Palachove smrti znova vzpodbudila protestno gibanje proti komunističnemu režimu. Izbruhnili so protesti, ki jih je policija nasilno zatrla. Vendarle je bil to tedaj v času Mihaila Gorbačova in njegove perestrojke na čelu Sovjetske zveze že znanilec sprememb na Češkoslovaškem, ki so potem že jeseni istega leta vodile v žametno revolucijo in padec komunističnega režima. Še pred koncem leta je bil za prvega demokratičnega predsednika izvoljen Vaclav Havel.
Na Češkem Jan Palach velja za narodnega heroja. Ob obletnici njegove smrti nameravajo na sedežu Karlove univerze v Pragi, od koder je 25. januarja 1969 krenil pogrebni sprevod, odkriti spominsko obeležje. Na Vaclavskem trgu, kjer se je zažgal, so pripravili posebno razstavo na prostem, v sredo pa bodo tam priredili tudi posebno spominsko slovesnost, navaja dpa. Poseben spomenik Palachu pripravljajo tudi pred njegovo domačo hišo v kraju Vsetaty, kakih 25 kilometrov severno od Prage. Uradno ga sicer nameravajo odkriti 21. avgusta, na obletnico vkorakanja sil Varšavskega pakta na Češkoslovaško leta 1968, še navaja dpa.
Palach naj sicer ne bi bil prvi, ki je znotraj komunističnega bloka proti posegu na Češkoslovaškem protestiral s samosežigom. Kot navaja spletna enciklopedija Wikipedia, je to že v začetku septembra 1968 storil poljski odvetnik Ryszard Siwiec, ki se je zažgal na stadionu v Varšavi. A poljske oblasti so ta dogodek uspešno prikrile in je na dan prišel šele po padcu komunizma. Tudi Palach naj ne bi vedel za njegovo dejanje.
