Uradne analize in ocene ekološkega stanja rek ARSO so verodostojne. Pripravljene so na osnovi fizikalno-kemičnih analiz, pridobljenih v akreditiranih laboratorijih in na podlagi analize bioloških indikatorjev, ko so bile izvedene v bioloških laboratorijih skladno z interkalibriranimi metodologijami, kar pomeni, da so metode dokazano primerljive z drugimi državami članicami EU.
Vodna direktiva določa monitoring in ocenjevanje ekološkega stanja voda. Razvoj metodologij za oceno ekološkega stanja v Sloveniji pa ne poteka na ARSO, ampak na Inštitutu RS za vode, v primeru rib v sodelovanju z Zavodom za ribištvo Slovenije.
Trenutno veljavne metodologije vrednotenja ekološkega stanja površinskih voda so bile objavljene v letu 2009. Od takrat so bile razvite še nove metodologije, nekatere obstoječe pa dopolnjene, saj je na ravni EU v tem obdobju še vedno potekalo zagotavljanje primerljivosti ocen ekološkega stanja med državami članicami EU, dobljenih z nacionalnimi metodami.
Za namen vrednotenja stanja rek na podlagi rib je za objavo pripravljena metodologija za alpske in panonske vodotoke, za velike reke pa je metodologija v zaključnih fazah razvoja in preizkušanja.
Ne glede na razvoj metodologij ARSO od leta 2007 po programu vsakoletnega monitoringa spremlja tudi stanje združbe rib. Pridobljeni so podatki za skupno 60 vzorčnih mest, ki jih med razvojem metodologij uporabljamo za njihovo preverjanje. Ocene, pridobljene v obdobju od 2009 do 2013, so upoštevane v oceni ekološkega stanja vodotokov.
Trditev, da je predstavljena ocena ekološkega stanja rek v delih, ki še niso pokriti z metodologijo za ribe, ne drži in je zavajajoča. Vodna direktiva namreč ne zahteva, da se na vseh mestih izvaja monitoring vseh bioloških elementov, pač pa je treba vključiti tisti biološki indikator, ki je najbolj občutljiv za posamezno obremenitev. V oceni ekološkega stanja so upoštevani vsi biološki elementi z razvito in priznano metodologijo, prav tako več bioloških elementov »meri« isto obremenitev. Ocena za obremenitev z vidika splošne degradiranosti je tako podana vsaj na podlagi vodnih nevretenčarjev, če ne tudi na podlagi rib.
Razvrstitev rek v tri razrede kakovosti (zelo dobro, dobro in zmerno) glede na vsebnost posebnih onesnaževal (vključno s PCB) sledi zahtevam evropske zakonodaje. Ukrepi za izboljšanje stanja so potrebni takoj, ko je vodno telo razvrščeno v zmerno stanje. Ključna za posebna onesnaževala je mejna vrednost med dobrim in zmernim stanjem, ki je določena z namenom zaščite celotnega vodnega okolja, ne samo človeka. Meja med dobrim in zmernim stanjem pomeni, da je sprejemljivo ali nesprejemljivo za živa bitja. Meja za zelo dobro stanje pa pove, da nevarnih snovi praktično ni, razen v količinah, ki so prisotne zaradi naravnega ozadja (na primer vsebnost kovin, ki so raztopljene v vodi kot posledica geološke podlage).
