Medtem ko si je Dovizioso privozil drugi najboljši startni položaj kariere, pa bo vodilni v skupnem seštevku prvenstva Marc Marquez startal iz druge vrste, potem ko je dosegel četrti čas kvalifikacij. Marquez, ki je imel v kvalifikacijah tehnične težave, bi si sicer z zmago v Motegiju predčasno zagotovil naslov svetovnega prvaka.
Dovizioso je s časom 1:44,502 minute dosegel nov rekord kvalifikacij na dirkališču v Motegiju, Ducatiju pa je privozil prvi pole position v zadnjih štirih letih, potem ko je bil v kvalifikacijah dirke za VN v Valencii leta 2010 najhitrejši Avstralec Casey Stoner.
V razredu moto2 je kvalifikacije dobil vodilni v skupnem seštevku Španec Esteve Rabat (Kalex) pred Švicarjem Thomasom Luthijem (Suter) ter Francozom Johannom Zarcom (Caterham Suter).
V razredu moto3 je bil v kvalifikacijah najhitrejši Britanec Danny Kent (Husqvarna) pred Italijanom Niccolo Antonellijem (KTM) in Britancem Johnom McPheejem (Honda).
