Takoj po odstavitvi je bil poslan v hišni pripor in se trenutno nahaja na neznani lokaciji. Tako se je končalo njegovo enoletno predsednikovanje Egiptu, v katerem je privzel stare oblastniške vzorce prejšnjega režima. »Drugi Mubarak«, »novi faraon« in »začasni diktator« so vzdevki, s katerimi so Mursija njegovi nasprotniki obkladali vse od lanskega novembra, ko je spremenil ustavo in svoje predsedniške dekrete izvzel sodniški presoji. Deloval je predvsem v interesu Muslimanske bratovščine, ki jo je po zmagi na parlamentarnih volitvah zaskominalo tudi po predsedniškem prestolu. Čeprav so sprva še zagotavljali, da jih predsedniško mesto ne zanima, so snedli besedo in v volilno bitko poslali svojega kandidata. Mursi ni bil prva izbira stranke. Na predsedniškem položaju se je znašel naključno, ker je volilna komisija preprečila kandidaturo vrhovnega stratega Muslimanske bratovščine Kajrata Al Šaterja. V zgodovinskih knjigah bo ostal zapisan kot prvi predsednik tranzicijske faze Egipta, ki je moral okusiti, da se egiptovska revolucija še ni končala.