Evropska unija želi z Naturo 2000 ohraniti živalske in rastlinske vrste ter habitate, ki so redki ali ogroženi. Na teh območjih je sicer mogoče izvajati različne dejavnosti, vendar te ne smejo ogrožati narave, zato se mnogi slovenski župani, ki vidijo edino razvojno možnost in priložnost v gradnji poslovnih in obrtnih con, Nature 2000 otepajo in so se posledično ostro odzvali na predlog njene širitve.

Slovenija ima zelo veliko biotsko pestrost, torej veliko število rastlinskih in živalskih vrst, in ker ima ob tem majhno ozemlje, ima posledično že zdaj največji delež Nature 2000 med vsemi državami članicami EU, po izpeljani širitvi pa bo v tem pogledu še bolj prva, kot se je izrazil eden od županov. Darij Krajčič, direktor Zavoda za varstvo narave, poudarja, da v Sloveniji že od leta 2006 vemo, da je treba Naturo 2000 dopolniti, a so dosedanje vlade, zavedajoč se, da je to zelo trd oreh, s tem odlašale. Krajčič opozarja, da sta na Naturo 2000 vezana kredibilnost države in tudi pravilna poraba evropskega denarja. Evropska komisija naj bi bila, tako kažejo slovenske izkušnje, glede določanja območij, ki jih varuje Natura 2000, sicer potrpežljiva, a zelo natančna, aroganco, kakršno si je glede Nature 2000 v preteklosti privoščila Poljska, pa kaznuje. Poljski je tako evropska komisija preklicala veljavno gradbeno dovoljenje za gradnjo avtoceste.

Slovenija z območji Natura 2000 trenutno varuje 73 odstotkov vrst in habitatnih tipov, po novem naj bi jih 92 odstotkov. Kmetijsko-okoljski minister Franc Bogovič je na predstavitvi strokovnih podlag za širitev Nature 2000 zbranim županom povedal, da se bodo v 18 občinah območja z Naturo 2000 povečala za več kot deset hektarjev, v 30 občinah za tri do deset hektarjev, drugje pa bodo povečanja minimalna. A je minister oziroma tisti, ki mu je napisal opomnik, pomešal merske enote. Ne gre namreč za hektarje, temveč za kvadratne kilometre, kar pomeni, da so številke v hektarjih stokrat večje, kot jih je predstavil minister. Štajerski občini Podvelka, denimo, ki meri 103,9 kvadratnega kilometra, se bo območje Natura 2000 (za Kozjak) povečalo za 90,28 kvadratnega kilometra ali za dobrih devet tisoč hektarjev, občini Sežana (ima 217,4 kvadratnega kilometra površine) na drugem mestu za 7600 hektarjev (zaradi Krasa)... Območje Natura 2000 se bo najbolj povečalo zaradi varovanja narave na Krasu, Kozjaku, Snežniku, Grintovcih, v Slovenskih goricah, Polhograjskem hribovju, ob Muri, Krki, Savi, Vipavi...