Zdaj, tri leta po njegovi smrti v Reykjaviku, je, kot piše tednik Der Spiegel, psiholog Joseph Ponterrotto z newyorške univerze objavil študijo o paranoji, za katero je bolehal. Psihologi so se dolgo časa spraševali, ali so pogosti izpadi šahovskega genija izraz njegove ekscentričnosti ali duševne bolezni. Fischer je svoje nasprotnike pogosto dekoncentriral s pritoževanjem nad premočnimi lučmi, glasnim kašljanjem občinstva ali mizo, ki je bila po njegovem mnenju za nekaj milimetrov previsoka.
V mladih letih pa je bil znan po izbruhih jeze. Nekega šahovskega kolega je tako močno ugriznil, da mu je odtis genijevih zob na rokah ostal za vse življenje. Kasneje je Fischer svoj bes obrnil proti Judom, čeprav je bil po materi sam Jud.
Psiholog Ponterotto je v preučevanje Fischerjevih duševnih težav vključil tudi njegovo družino, kar je lahko storil, ker je imel po smrti njegove matere leta 1997 vpogled v dokumente FBI. Fischerjeva mati, ki je bila samohranilka, je bila priseljenka iz Moskve, zaradi česar ji je ameriški FBI sledil. Vohunstva ji sicer niso mogli dokazati, ugotovili pa so, da je "bila paranoična in prepirljiva oseba". Vsekakor njena paranoja ni bila brez osnov, saj so ji sledili 30 let.
V FBI menijo, da biološki oče šahovske legende ni bil nemški biofizik Hans Gerhard Fischer, ampak fizik Paul Nemenyi po rodu z Madžarske. Tudi Nemenyi je bil kljub visoki inteligenci čudak, tako je pod obleko pogosto nosil pižamo. Poleg genov je na Fischerjevo duševno bolezen najbrž vplivala tudi vzgoja, saj ga mati ni usmerjala v razvoju. A ravno zato je najbrž postal šahovski genij.