Tema jo je tako vznemirila, da je naredila kar tri pripovedi - Peter K. o Petru Klepcu, Mojca P. o Mojci Pokrajculji in Slavo vojvodine Kranjske. Njen nenavadni način pripovedovanja in izvirni jezik za ta literarno-likovni žanr so prepoznali tudi pri Fundaciji Brumen, ki ji je leta 2009 podelila nagrado za najboljše delo za knjižni ovitek Slovenskih klasikov v stripu z argumentom, da gre za "nepretenciozen, bistroumen in duhovit ovitek, ki povabi gledalca, naj se nasmeji šali". Kasneje je sodelovala še pri številnih Stripburgerjevih zbornikih in publikacijah, kot so Strukturokop, Ču ču čaki, Izgubljeni ton, Rajsferšlus, Ženski strip na Balkanu, in tudi pri sklopu animiranih filmov po stripovskih predlogah mednarodnih avtorjev, Stripburger v gibanju.

Njena slikovna površina nima mreže, ki je tako značilna za stripovsko pripoved. Sestavlja dojemanje prostora z večsmerno orientacijo, ki deluje izrazito kolažno. Čeprav zgodbe še vedno beremo od leve proti desni in od zgoraj navzdol, so njeni stripi eksperimentalni in zahtevajo izkušenega knjižnega molja, ki prepozna pomen znakovnega jezika. Uporablja značilne puščice, s katerimi usmerja zaporedje branja ali male ikone za povečevalno steklo, ki nakažejo, da se nam bo označena scena približala. Tovrstni znakovni jezik izhaja iz računalniških programov za obdelavo slike, kar govori v prid temu, da je naš vizualni jezik vedno bolj prepleten z računalniškim. Vendar Kaja Avberšek stripov ne riše neposredno z računalnikom, temveč pri delu prisega na taktilnost in na ročno risanje, ki ga določa tudi prepoznavna tipografija. Stripe le občasno obdeluje z računalnikom pri pripravi slik za tisk.

Kaja Avberšek se ukvarja z otroškimi in optimističnimi temami. Zanimata jo nostalgija in učinek, ki ga imajo spomini na naše mentalno stanje. V tem spektru nastaja tudi njena magistrska naloga. Raztreščeni dnevnik mavričnih dni, ki je mešanica ilustracije, stripa, dnevniških zapiskov in avtobiografije. Sledi izkušnji, ki jo je doživela v prvih mesecih bivanja v Lizboni, ko še ni razumela portugalsko. Zaradi številnih vtisov v novem okolju in pomanjkanja komunikacije so ji na dan privreli močni otroški spomini, ki jih je izlila na papir v risbi in tekstih. Tekst v njeno delo torej ni vstopil šele s stripom, ampak jo je spremljal že mnogo prej.

Zelo pomembno vlogo v njenem delu igra izkušnja z oblikovanjem scenografij za majhno gledališče Lua cheia v Lizboni, kjer je delala v okviru programa Leonardo da Vinci. Izkušnja s teatrom jo je pripeljala do sodelovanja s Petrom Kusom pri drugi ediciji projekta Evfonija: Zveneče mesto v Celju. Na podlagi interaktivnih instalacij in delavnic za konstrukcijo izvirnih instrumentov so najprej izdali publikacijo Pojoči grad, priročnik za gradnjo izvirnih instrumentov v stripu!, kasneje pa so uprizorili še animirano predstavo za otroke Pojoči grad. Kaja Avberšek namerava v prihodnjih razstavnih projektih združevati znanja s področja scenografije in stripa.