Pogačnik je na spletnih straneh novogoriške Evropske pravne fakultete objavil članek, v katerem pojasnjuje, da je arbitražni sporazum v nasprotju z Zakonom o razglasitvi zaščitne ekološke cone in epikontinentalnem pasu Republike Slovenije iz leta 2005. Opozarja, da ta zakon določa, da se "dokončna zunanja meja zaščitne ekološke cone določi s sporazumom s sosednjimi državami v skladu z mednarodnim pravom (...), meja epikontinentalnega pasu s Hrvaško pa da bo določena z mednarodnim sporazumom med državama".
To po Pogačnikovem mnenju pomeni, da bi morala Slovenija s Hrvaško za razmejitev skleniti dvostranski sporazum o meji, ne pa vprašanje reševanja meje prenesti "pred tretjega", torej pred arbitražno sodišče. To po Pogačnikovem mnenju pomeni "eklatantno kršitev veljavne zakonske norme" in zatorej je po njegovem "vlada sprejela arbitražni sporazum nezakonito".
Pogačnik je sicer pod prejšnjo vlado Janeza Janše vodil slovenski del komisije mednarodnih pravnih strokovnjakov za reševanje vprašanja meje, za katero sta se leta 2007 na Bledu dogovorila Janša in tedanji hrvaški premier Ivo Sanader. Naloga komisije je bila priprava pravnega okvirja za reševanje vprašanja meje pred tretjo stranjo oziroma pred Meddržavnim sodiščem v Haagu. Do dogovora v komisiji ni prišlo, zato je bila razpuščena.
