Iz Milana, kjer je bil rojen, so se starši pred kugo umaknili na podeželje. Odraščal je v lombardskem Caravaggiu blizu Bergama, družina, pri kateri je delal njegov oče, pa je bila sorodstveno povezana z močnim klanom Sforza Colonna; očetova ugledna znanstva so mu pozneje v Rimu, Neaplju in še kje mnogokrat reševala kožo, kadar je zabredel čez rob zakona. Njegov policijski dosje je namreč nesramno debel, poln prijav in preiskav zaradi številnih pretepov, celo poskusov umora ali uboja.
Mladenič se je v Milanu učil v delavnici nekega Tizianovega učenca, a je dvajsetleten pribežal v Rim, potem ko je s sabljo ranil mestnega orožnika. Gibal se je po robu zakona, med nasiljem in slavo, ki jo je zaradi neobičajnih slik doživel kmalu po prihodu v Rim leta 1592. Pot do večjih naročil si je utiral najprej v delavnici rimskega mojstra Cesarija, najljubšega papeževega slikarja, s slikanjem tihožitij, ljubkih košaric s sadjem in cvetjem. V rimski družbi so postala njegova realistična tihožitja ali slike, kot je Deček, ki lupi sadje, zelo iskane, slikar pa priljubljen pivski in kvartopirski gost mladih iz boljših družin. Spoprijatelji se s slikarjem Prosperom Orsijem iz znane rimske družine, arhitektom Onoriom Longhijem in šestnajstletnim sicilskim slikarskim vajencem Mariom Minittijem s čutnimi usti in razkošnimi črnimi kodri, ki postane njegov najljubši model za mlade Bakhuse ali Amorje. Naslika fenomenalno sliko Amor Vincet Omnia, ljubezen zmaguje, ljubkega Kupida nad simboli glasbe, vojne, znanosti in oblasti. V 20. stoletju ga prav zaradi domnevno homoerotičnih slik z mladim Mariom gejevska skupnost, zlasti britanski umetnik in filmar Derek Jarman, leta 1986 razglasi za svojo ikono. Rad slika prizore z glasbeniki, kvartopirske goljufe in pristne motive iz življenja, ki jih je manieristična umetnost s konca 16. stoletja prezirala, razuzdani Caravaggio pa oboževal.
Od posvetnih naročil do večjih cerkvenih ni bilo več daleč. Dela za slikarje v Rimu na prehodu iz 16. v 17. stoletje je bilo dovolj. To je bil čas, ko se je papež Klement VIII. odločil utrditi Cerkev, razrvano zaradi protireformacije. Novi cerkveni politiki je ustrezala naturalistična dramatičnost, ki jo je v nabožne motive vnašal mladi Caravaggio. Njegov brezkompromisni naturalizem pa je večkrat spravljal v zadrego naročnike. Njegovi modeli so bili ljudje, kakršne je srečeval po krčmah, razbojniki in prostitutke, tudi v upodabljanju verskih prizorov. Slaven postane v papeškem mestu okoli leta 1600, ko za kapelo kardinala del Monteja naslika Spreobrnjenje svetega Mateja: močna svetloba skozi nevidno okno oblije družbo mož za mizo in osvetli Matejevo oko v trenutku, ko zasliši božji klic... Zlasti mlajši slikarji, t.i. caravaggisti, so bili navdušeni in ga skušali posnemati, drugi spet niso prenašali nazornega naturalizma v prizorih. Telesnost je rad potapljal v dramatično razgibano svetlobo. Spokorniško Marijo Magdaleno, ki naj bi zapustila življenje kurtizane, naslika razkrečeno, da so pobožni naročniki sliko zavrnili; klečečega svetnika Mateja naslika z umazanimi podplati, moral je narediti novo. Za sliko smrti Jezusove deviške matere, naročilo premožnega jurista za kapelo v karmeličanski cerkvi Santa Maria della Scala, je najel znano rimsko prostitutko, ki so jo menihi takoj prepoznali. Očitali so mu tudi, da je Devica preveč zares mrtva, saj je bila vendar po cerkveni doktrini v trenutku smrti naravnost "v nebo vzeta", torej je zgrešil versko resnico. Naročnik je moral sliko umakniti iz kapele, pozneje jo je prodal vojvodi iz Mantove, kateremu jo je priporočil Rubens, od njega jo je odkupil angleški kralj Karl I. in danes jo lahko občudujemo v kraljevski zbirki Ludvika XIV. v pariškem Louvru!
Naročil mu vseeno ni manjkalo. Naročeno je naredil spretno in hitro, potem pa vsaj štirinajst dni razgrajal naokoli. O tem obstajajo mnogi zapiski v vatikanskih policijskih arhivih. Na enem takih pohodov maja 1606 v prepiru ubije mladeniča Ranuccia Tomassonija in je obsojen na smrt. Rimski zaščitniki mu niso mogli več pomagati, zato zbeži pred roko zakona v Neapelj in poišče zaščito vplivne družine Sforza Colonna. Razvpiti rimski slikar kmalu postane najbolj slavni neapeljski umetnik. Čez nekaj mesecev se s članom družine Sforza Colonna, ki je bil malteški vitez, umakne na Malto, saj je tudi v Neaplju rad povzročal škandale. Malteški vitezi ga sprejmejo medse, potem ko leta 1607 naslika uradni portret velikega mojstra Alofa de Wignacourta in drugih pomembnih članov viteškega reda. V Valetti je ustvaril pretresljivo podobo do pasu golega svetega Hieronima, toda novopečeni vitez se ni držal pravil pobožnega reda. Po pretepu, v katerem je ranil svojega viteškega sobrata in nato v besu vrgel še vrata trdnjave s tečajev, so ga decembra 1608 izgnali z Malte. Spomnil se je na svojega kompanjona iz rimskih časov Maria Minittija, ki se je medtem poročil na Sicilijo, in se zatekel k njemu v Sirakuzo, od koder ju je neslo še v Mesino in Palermo. V vseh treh mestih je takoj dobil dobro plačana cerkvena naročila (dramatične slike Pokop svete Lucije, Lazarjevo vstajenje, Oboževanje pastirjev...), kljub razburljivemu in razvratnemu življenju njegov umetniški talent ni prav nič opešal. Po devetih mesecih se je naveličal Sicilije in se vrnil pod zaščito družine Sforza Colonna v Neapelj, od koder je pisaril prošnje novemu papežu Pavlu V., naj mu oprosti zločin in ga pomilosti. Medtem je vneto slikal, nastala je znana slika Mučeništvo svete Uršule, vidno trpeče, s puščico hunskega kralja v prsih. Slike so vedno bolj poglobljene študije svetlobe in poznavalci menijo, da bi Caravaggio prišel do novih slikarskih odkritij, če bi živel dlje.
Toda ni. Na enem od razgrajaških pohodov po neapeljskih krčmah mu je neznanec zaril nož v lice. To ga sicer ni pobralo, čeprav so menda že sporočili v Rim, da je slavni slikar mrtev. Med okrevanjem je naslikal dramatično Salomo z glavo Janeza Krstnika, pri čemer je menda glava na pladnju njegova; poslal jo je vodji malteških vitezov na Malto, da bi si izprosil odpuščanje. V tem času je nastala tudi ena njegovih najbolj reproduciranih slik osuplega Davida z glavo premaganega velikana Goljata, spačenega v smrtnem kriku, ki spet velja za njegov avtoportret. Sliko je nameraval poslati papeževemu bratu kardinalu Scipionu Borgheseju v Rim, da bi podprl njegovo pomilostitev. Poleti 1610 je najel čoln, s seboj je vzel tri slike, s katerimi bi se zahvalil uglednim Rimljanom za pomilostitev. Vedel je, da cena (odkupnina) ne bo majhna. Kaj se je potem zgodilo z njim in čolnom, ni povsem jasno. Zgodovinski viri govorijo o sporočilu z dne 28. julija 1610 na dvor urbinskega vojvode o Caravaggievi smrti. Tri dni zatem pride sporočilo, da je umrl od vročice. Casertski škof je dan pozneje pisal v Rim družini Borghese, da je umrl v Porto Ercole. Pozneje so iz dokumentov ugotovili, da so ga na morski poti v Rim ustavili stražarji v kraju Palo (zdaj Cittavechia) in ga zaprli. Porto Ercole, kjer naj bi bili njegovi posmrtni ostanki, je dejansko vsaj sto kilometrov stran od Rima.
V Italiji so leto 2010 razglasili za Caravaggievo leto. Že lani so pomembno obletnico pompozno naznanili z razstavo v rimski galeriji Borghese, kjer so Caravaggia soočili z ekstravagantnim Francisom Baconom. Želeli so nekako pritrditi slavni krilatici "Kar je začel Caravaggio, je modernizem v slikarstvu". Po vsej državi so in bodo v njegovo čast priredili več razstav njegovih del. Na podlagi dokumentov mu je mogoče pripisati vsaj 68 ohranjenih slik, dejansko je podpisal samo Janeza Krstnika na Malti leta 1608. Več kot štirideset slik je do 13. junija na ogled v razstavišču Scuderie (Konjušnica) na rimskem Kvirinalu. Med njimi več verzij Večerje v Emavsu, ena iz londonske Nacionalne galerije, druga iz milanske Brere, sliko Lutnjarja je posodil Ermitaž iz Sankt Peterburga, ob njej visijo Glasbeniki, sposojeni iz newyorškega Metropolitanskega muzeja. Dela so posodile galerije z vseh koncev sveta. V Firencah so dela slavnega baročnega slikarja na ogled v palači Pitti, nekaj del je mogoče videti tudi v Forliju in Neaplju. Italijani so v pripravah na obletnico odkrili marsikaj še neznanega o tehniki slikanja "izumitelja" chiaro-scura. Ugotovili so, da naj bi pri delu uporabljal različna optična pomagala, s katerimi je motive z modeli projiciral na platno vsaj dvesto let pred izumom fotografske kamere, pri slikanju pa naj bi uporabljal tudi poseben srebrn prah, kar naj bi bil domnevno razlog za njegovo veliko razdražljivost. Izkopali so tudi umetnikove posmrtne ostanke v kapelici v mestecu Porto Ercole, kjer je umrl star komaj 38 let. Z analizo DNK, ki so se je lotili na bolonjski univerzi, bi radi ugotovili resnični vzrok umetnikove smrti.