Muzej nedolžnosti je roman o prepovedani ljubezni v Istanbulu, v času, ko se je zdelo, da je mogoče to prepoved odpraviti, v 70. letih torej, ko se je turška družba sekularizirala, ko je elita svoje otroke pošiljala študirat na zahod in so urbana središča že prenesla mini krila. Gre torej za kulturo v klinču dveh nasprotujočih si tendenc, tradicionalne verske in patriarhalne, ki vlada na podeželju in med revnejšim prebivalstvom, in moderne, ki si domišlja, da je s prvo opravila.
Prvoosebni pripovedovalec, Kemal, ki je svojo zgodbo v zapis zaupal "gospodu Orhanu Pamuku", je predstavnik te druge linije, premožen, zaročen s Sibel, s katero si liberalno dovolita spolne odnose pred poroko. Kemal je mož s svetlo prihodnostjo, v okolju, kjer elita vidi le svoj urejeni svet. Dokler se pred njim ne pojavi Füsun, mlada, lepa, revna. Zadeva se seveda ne more končati drugače kot tragično in muzej, ki ga Kemal počasi polni v skrivnem stanovanju, kjer je nedolžnost "padla", hrani vse dokaze, tudi najmanjše in najbolj trapaste, o poti te nesojene ljubezni.
Trikotnik je tipski - on, nihajoč med modernimi pogledi in tradicionalnim mačizmom, med samoobtoževanjem in makievelistično samoprevaro, ona, nesojena idealna nevesta, ki ji manjka tisto nekaj, in ona druga, ki ima le to. Zadeva bi skorajda sodila na plažo, če ne bi Pamuk zanimivo slikal družbe, ki z vso svojo zapletenostjo pušča enako zapleten odtis v ljudeh.
Obeti večje svobode mamijo ženske, da tvegajo svobodno spolnost, hkrati pa ima ta emancipacija, ki ustreza tudi moškim, za slednje tudi nepričakovano kolateralno škodo, saj postavlja pod vprašaj prejšnjo delitev vlog: žena, prostitutke in dolgoletne vzdrževane ljubice. Vsekakor je emancipacija dovoljena le bogatim, če je ženska revna, je himen še vedno njen edini kapital. Pravzaprav ne njen, očetov, in če ga ona zapravi, jo oče proda naslednjemu snubcu pod ceno. Njej navsezadnje ni namenjen niti ta roman, kajti Füsun je objekt, vseskozi, najprej objekt Kemalovega poželenja, nato obžalovanja, nato čaščenja in žrtvovanja, o tej njegovi ljubezni izvemo neštete podrobnosti, o njej zelo malo. Mogoče je prav to najbolj nepričakovano sporočilo Muzeja nedolžnosti, ki je hotel problematizirati neenakost žensk in tudi podrejenost moških družbenim zahtevam, ki skupaj onemogočata "nedolžno" spontano ljubezen: šele ob tej omajani tradiciji se pokaže, kako dolgotrajen in mukotrpen je proces izgradnje drugačnih odnosov. In prav zato se družbeni klišeji ne odpravljajo, namesto novih odgovorov se znova utrdi "staro" - Kemal se, da bi si znova pridobil ljubico, zaveže vzdržnosti. Kot bi bila za njuno nesrečo kriva emancipacija, ne pa protiudarec dominacije - in v tem ni le ironija tega literarnega lika, ampak številnih družb, ki na težave, ki jih prinaša liberalizacija, odgovorijo z radikalizacijo religioznih in družbenih prepovedi.
