Nadškofija Los Angelesa je leta 2007, ko je bila še pod Mahoneyevim vodstvom, dosegla dogovor o plačilu odškodnine okoli 500 žrtvam spolnih zlorab v višini 660 milijonov dolarjev. Na položaju nadškofa je Mahoneya leta 2011 zamenjal Jose Gomez, ki je v skladu z dogovorom iz leta 2007 objavil dokumentacijo o spolnih zlorabah do 80. let prejšnjega stoletja. Otroke je zlorabljalo več kot 100 duhovnikov ali cerkvenih uslužbencev.
Dokumenti, ki jih je januarja objavil časopis Los Angeles Times, dokazujejo, da je Mahoneya predvsem skrbelo, kako bodo zlorabe pometli pod preprogo. Nadškof Gomez je potem v začetku februarja Mahoneya razrešil vseh cerkvenih dolžnosti, tako notranjih administrativnih kot javnih. Vendar pa Gomez ne nasprotuje udeležbi 76-letnega Mahoneya na konklavu.
Mahoney sicer sodi v skupino 117 kardinalov, mlajših od 80 let, ki imajo pravico do sodelovanja na volitvah novega papeža po odstopu Benedikta XVI.
Pismo katoliške organizacije je zelo osebno. »Kardinal Mahoney, ostani doma! Tvoja vpletenost v cerkvene spolne škandale in prepoved javnega duhovniškega delovanja v nadškofiji Los Angelesa bi morala pomeniti, da ne smeš na konklave,« pravijo pobudniki in dodajajo, da bi udeležba le povečala škandal in sramoto v ameriški Katoliški cerkvi.
