Po španskih zakonih namreč obsojencem na podlagi prejšnje nekaznovanosti ni treba v zapor, če so obsojeni na manj kot dveletno zaporno kazen. Zdravnik se sicer v skladu s sklepom sodišča štiri leta ne bo smel ukvarjati z zdravniškim poklicem. Kot je pojasnilo madridsko sodišče v sodbi, je Fuentesova praksa predstavljala "veliko zdravstveno tveganje" za vse tiste, ki so prejemali krvne transfuzije. Na podlagi slednjega, torej ogrožanja javnega zdravja, je sodišče tudi obsodilo Fuentesa, v njegovo sporno početje kot prvega člena v verigi sistematičnega dopinga pa se ni spuščalo. "Doktor doping" je sicer med sodnim postopkom priznal, da so njegove stranke za sporne krvne transfuzije prihajale ne le iz kolesarskega športa, temveč tudi drugih športov, vključno z nogometom, tenisom, atletiko in boksom. Kdo vse je bil vpleten, pa ni želel razkriti.
V javnosti se že pojavljajo ugibanja o ozadjih za takšno odločitev, glede na to, da bi lahko prihodnji preiskovalci športnih nečednosti s pomočjo vzorcev razkrili identiteto športnikov, ki so uporabljali sporna in prepovedana sredstva za povečanje vzdržljivosti. "Z razsodbo se naše delo ni končalo, zame se preiskava 'Operacion Puerto' ni končala," je na novinarski konferenci po za nekatere škandalozni razsodbi sodišča odzvala direktorica španske protidopinške agencije Ana Munoz, ki bo od sodišča zahtevala, naj ji preda vse dokaze, povezane s tem primerom, vključno z vrečkami s krvjo. Po razsodbi se je odzval tudi Mednarodni olimpijski komite (Mok), ki je obžaloval odločitev sodišča, da predstavnikom protidopinške organizacije zavrne dostop do dokazov, kar bi slednji olajšalo boj proti sistematičnim zlorabam v športu.
Sodišče je odločilo, da je kriv tudi kolesarski funkcionar Jose Ignacio Labarta, ki so mu izrekli (pogojno) štirimesečno zaporno kazen, preostale tri obtožence, Fuentesovo sestro Yolando, Manola Saiza in Vicenteja Beldo, pa je oprostilo.
