Močnik je svojo športno pot začel v Novi Gorici, kjer je igral vse do konca sezone 2002/2003, ko se je preselil v Kraški Zidar iz Sežane. V tem klubu je ostal vse do začetka sezone 2006/2007, ko se je spet vrnil v Novo Gorico. V naslednji sezoni je sledil prestop v ljubljansko Union Olimpijo.
V Ljubljani je ostal zgolj eno sezono, potem pa je prestopil v poljski PGB Basket Poznan ter kasneje v Postojno. V sezoni 2009/10 je igral v drugi italijanski ligi za Snaidero iz Vidma. V svoji reprezentančni karieri je bil Jan Močnik član vseh mladinskih selekcij Slovenije.
"Jana dobro poznamo. Lani se je v decembru priključil ekipi in nam uspešno pomagal na mnogih tekmah. Njegove delovne navade so odlične, kar dokazuje na naših treningih že nekaj časa. Fant se dobro vklaplja v ekipo in verjamem, da nam bo s svojim znanjem lahko pomagal tudi letos. V klubu poskušamo stroške ekipe zadržati v okvirih dogovorjenega, lovimo tudi kvoto sedmih slovenskih igralcev, ki jih nujno potrebujemo za nastopanje v tekmovanjih pod okriljem KZS," je povedal trener Uniona Olimpije Sašo Filipovski.
