Razveljavitev začne učinkovati v enem letu po objavi odločbe ustavnega sodišča v uradnem listu.
Občini Sežana in Divača sta vložili zahtevo za oceno ustavnosti in zakonitosti uredbe o posebnih varstvenih območjih, torej območjih Natura 2000. V sežanski občini menijo, da je vlada z uredbo o dopolnitvah nezakonito in protiustavno posegla v ustavni položaj lokalne skupnosti, ker jo je z določitvijo posebnih območij varstva omejila pri izdajanju prostorskih aktov.
Občina Divača pa izpodbija uredbo, ker naj bi vlada določila posebna območja varstva za celotno območje občine. Njeni očitki so večinoma enaki očitkom sežanske občine. Z uvrstitvijo celotnega območja občine v varstveno območje naj bi bil onemogočen ali vsaj bistveno otežen gospodarski in prostorski razvoj občine. Vlada naj uredbe o dopolnitvah ne bi sprejela po predhodnem mnenju lokalne skupnosti.
Vlada je sicer odgovorila, da je uredbo sprejela prav zaradi zahtev predpisov EU in na podlagi opomina Evropske komisije. Vlada naj bi pri svoji odločitvi upoštevala dejstvo, da je v EU vzpostavljeno sprotno spremljanje spoštovanja predpisanih ukrepov, ki imajo lahko za posledico zavrnitev sofinanciranja določenih projektov.
