Evropska komisija je v tožbi Sloveniji očitala, da ne spoštuje evropske direktive o razvoju železnic, katere cilj je zagotoviti pravičen in enakopraven dostop do železniške infrastrukture.
Ta železniška zakonodaja med drugim določa, da je treba "bistvene funkcije" prenesti na organe ali podjetja, ki sami ne zagotavljajo prevoznih storitev v železniškem prometu. Med temi funkcijami je dodeljevanje vlakovnih poti prevoznikom v železniškem prometu, torej dodelitev časovnih okvirov za vožnjo vlakov na delu železniškega omrežja.
V tem kontekstu je komisija Sloveniji najprej očitala, da ni izpolnila svojih obveznosti, saj upravljavec slovenske infrastrukture, ki opravlja tudi storitve železniškega prevoza, sodeluje pri pripravi voznega reda omrežja in zato pri funkciji dodeljevanja vlakovnih poti ali infrastrukturnih zmogljivosti.
Sodišče je opozorilo, da v skladu z omenjeno direktivo odločanje o dodeljevanju vlakovnih poti, skupaj z opredelitvijo in oceno razpoložljivosti, sodi med bistvene funkcije. Iz tega je sklepalo, da se prevozniku v železniškem prometu ne smejo zaupati vsa pripravljalna dela za sprejetje takih odločitev. Ker je sodišče presodilo, da je v Sloveniji to podano, je sprejelo očitek komisije.
Po drugi strani pa je sodišče opozorilo, da vodenja prometa ni mogoče šteti za bistveno funkcijo in je lahko torej zaupano upravljavcu infrastrukture, ki je tudi prevoznik v železniškem prometu, kot je v Sloveniji.
Poleg tega je komisija zatrjevala, da Slovenija ni sprejela ukrepov za spodbujanje upravljavca infrastrukture, da zniža stroške zagotavljanja infrastrukture in višino uporabnin za dostop, niti ni vzpostavila načrta izvedbe za prevoznike v železniškem prometu in upravljavca infrastrukture, ki bi bil v skladu z zahtevami prava unije.
Prav tako je komisija podala očitek glede izračuna uporabnine za minimalni dostop do železniške infrastrukture.
V povezavi s tem je sodišče poudarilo, da trditve Slovenije temeljijo le na spremembah njene zakonodaje, sprejetih po roku, določenem v drugem opominu ali obrazloženem mnenju, ki ga je komisija leta 2009 naslovila nanjo. Takih sprememb pa sodišče ne sme upoštevati, zato je ugotovilo utemeljenost očitkov komisije.
Ker sta komisija in Slovenija s svojimi predlogi uspeli samo deloma, vsaka nosi svoje stroške, so še pojasnili na sodišču.
Na ministrstvu za infrastrukturo in prostor pa so za STA pojasnili, da sodbe ne morejo komentirati, ker je še niso prejeli. »Po prejemu sodbe jo bomo podrobno proučili ter storili vse za to, da bi očitke državi v sodbi odpravili,« so zapisali. Ob tem so poudarili, da je Slovenija od prvega opomina naprej izvajala aktivnosti, da bi sledila navodilom Evropske komisije glede implementacije prvega železniškega paketa.
