Kot je v revizijskem poročilu zapisalo računsko sodišče, je inštitut v nasprotju z zakonom o sistemu plač v javnem sektorju in zakonom za uravnoteženje javnih financ javnim uslužbencem izplačal najmanj za 39.429 evrov previsoke in 847 evrov prenizke plače. Za delo prek študentskega servisa v znesku 1210 evrov pa ni pridobil soglasja.
Javnim uslužbencem, ki niso bili upravičeni do nezgodnega zavarovanja, je inštitut po navedbah sodišča plačeval premije za nezgodno zavarovanje v skupnem znesku 15.797 evrov v nasprotju z zakonom o javnih uslužbencih.
Računsko sodišče je prav tako ugotovilo, da je inštitut pri nabavi materiala, zdravil, storitev in osnovnih sredstev v znesku nekaj manj kot 14 milijonov evrov ter pri izvajanju posameznih postopkov izbire dobaviteljev ravnal v nasprotju s predpisi o javnem naročanju.
Inštitut za varovanje zdravja med revizijskim postopkom ni odpravil vseh ugotovljenih nepravilnosti, zato je sodišče od Nacionalnega inštituta za javno zdravje in Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano zahtevalo predložitev odzivnih poročil, v katerih morata izkazati ukrepe za odpravo nepravilnosti pri določanju in obračunavanju plač ter oddaji javnih naročil.
Inštitut za varovanje zdravja RS je s 1. januarjem letos prešel pod okrilje Nacionalnega inštituta za javno zdravje in Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano.