Generalni državni tožilec Zvonko Fišer je februarja 2012, tik pred iztekom mandata vlade Boruta Pahorja, na vlado podal predlog, naj Škrleca, ki je bil takrat državni sekretar na ministrstvu za pravosodje, imenuje za generalnega direktorja vrhovnega tožilstva. Vlada je predlog potrdila na svoji zadnji seji, ki je potekala dan pred prisego nove vlade Janeza Janše.

Prejšnji pravosodni minister Senko Pličanič je zaradi tega imenovanja uvedel neposredni pravosodni nadzor. Tričlanska nadzorna skupina je zdaj ugotovila, da je bil predlog imenovanja Škrleca podan s kombiniranjem zakonskih določb o postopkih imenovanja in dodelitve, kar da je nedopustno.

Prav tako je nadzorna skupina nepravilnosti ugotovila pri prerazporeditvi dotedanje generalne sekretarke na novo delovno mesto. Z zasedbo delovnega mesta generalnega direktorja je bilo namreč ukinjeno delovno mesto generalnega sekretarja. Nadzorna skupina je tako ugotovila, da je bila sekretarka prerazporejena na že ukinjeno delovno mesto.

Nepravilnosti v zvezi z imenovanjem generalnega direktorja, ki sta jih ugotovila upravno sodišče in nadzorna skupina ministrstva, se nanašajo na postopek iz leta 2012, pojasnjujejo na vrhovnem državnem tožilstvu. Kot so zapisali, pa so bile te nepravilnosti odpravljene s ponovitvijo postopka, ki je bil opravljen skladno z navodili sodišča.

V ponovljenem postopku je državnotožilski svet za opravljanje nalog generalnega direktorja ponovno postavil višjega tožilca Boštjana Škrleca. Kršitev iz prvega postopka je "po svoji naravi tako povsem formalna in na vsebinsko odločitev o izbiri kandidata ni vplivala", pišejo na tožilstvu.

V zvezi z razporeditvijo dotedanje generalne sekretarke pa gre po njihovih navedbah za to, da "je bilo to delovno mesto ukinjeno po zakonu z njegovo uveljavitvijo". Ker na vrhovnem državnem tožilstvu ni bilo drugega mesta, ki bi ustrezalo izobrazbi dotedanje generalne sekretarke, je ta do njenega odhoda v kabinet Vinka Gorenaka, takratnega ministra za notranje zadeve, ostala razporejena na njenem dotedanjem mestu generalne sekretarke, so še pojasnili.

Nadzor nad Škrlečevim imenovanjem je sicer nedavno začel tudi inšpektorat za javni sektor, vendar še ni končan. Prav tako je zadevo je pod drobnogled vzela Komisija za preprečevanje korupcije (KPK), vendar je takratni pravosodni minister Aleš Zalar v začetni fazi postopka zaradi domnevnih nezakonitih dejanj KPK sprožil upravni spor. Trenutno se zadeva nahaja na vrhovnem sodišču, ki odločitve še ni sprejelo.