Po začetku okupacije se je dejavno vključil v pomoč prebivalcem: organiziral je razdeljevanje hrane in zdravil ter prek družbenih omrežij dokumentiral ravnanje ruskih sil. Odprl je profil na telegramu in zbiral fotografije ter videoposnetke prič. »Tudi informacija je orožje,« je govoril in vztrajal, da se bo upiral z besedo. 12. marca 2022 so ga ruski vojaki prijeli na kontrolni točki med Novo Kahovko in Tavrijskom ter ga odpeljali na neznano lokacijo. Več mesecev njegova soproga in svojci kljub vztrajnemu poizvedovanju pri okupacijskih oblasteh niso izvedeli, kje je. Šele novembra 2022 so ruske oblasti potrdile, da je pridržan, in ga obtožile domnevnega vohunjenja – obtožba, ki jo Rusija pogosto uporablja proti ukrajinskim civilistom in aktivistom.
Po dolgotrajnem priporu v preiskovalnem zaporu št. 2 v Simferopolu, kjer so ga mučili in zasliševali, ga je 6. oktobra 2023 vrhovno sodišče okupiranega Krima obsodilo na 13 let zapora v strogo varovani kazenski ustanovi. Aprila 2024 je bil premeščen v kazensko kolonijo št. 3 v Skopinu v Rjazanski oblasti, kasneje pa, po zadnjih podatkih iz aprila 2025, v moskovski preiskovalni zapor št. 4. Rusko vrhovno sodišče je marca 2025 zavrnilo pritožbo in s tem potrdilo obsodbo. Tsyhipa ima resne zdravstvene težave, na propagandnem videoposnetku iz leta 2022 so vidni znaki mučenja, njegovo zdravstveno stanje pa se je v ujetništvu še poslabšalo. »Serhij noče delati. Noče sprejeti ruskega državljanstva, ki mu ga vsiljujejo,« pravi njegova žena Olena. »Pravi jim: Sem upokojenec in državljan druge države. To je prisilno delo.«