Kasneje je postal vodja Inštituta za javne in okoljske zadeve (IPE), kjer je razvil prvo javno zbirko podatkov o onesnaženosti vodnih virov na Kitajskem – China Water Pollution Map. Njegovo delo, vključno z izdajo knjige China's Water Crisis (1999), skuša ozaveščati o resnih okoljskih problemih na Kitajskem, zlasti o vprašanjih onesnaženosti voda, zraka in industrijske kontaminacije. Prvi javno dostopen vir informacij o onesnaženosti okolja na Kitajskem je prisilil vlado, da se resneje ukvarja z okoljskimi vprašanji. Ma poudarja, da sta v taoizmu človek in narava eno, in upa, da se bomo vrnili k naravi. Opozarja, da danes mnogi živijo odklopljeni od narave v urbanih središčih, kar povečuje potrebo po ponovni oživitvi ljubezni do okolja.
Kljub napredku, ki ga je dosegel s svojimi prizadevanji, pa na Kitajskem zaradi onesnaženja okolja vsako leto še vedno umre več kot milijon ljudi. »Kitajska je največji proizvajalec ogljikovega dioksida, a hkrati največji vlagatelj v obnovljive vire energije,« dodaja in verjame, da mora Kitajska zmanjšati okoljsko škodo in hkrati ohraniti svojo vlogo »svetovne tovarne«. Ma je prejel številne mednarodne nagrade, med njimi tudi nagrado Ramona Magsaysaya (2009) in Goldman Environmental Prize (2012). Bil je imenovan kot ena od 100 najvplivnejših osebnosti na svetu po izboru revije Time (2006) in je prvi kitajski socialni podjetnik, ki je prejel nagrado skoll (2015).
