Leta 1999 je v Bukavuju ustanovil bolnišnico Panzi, ki je danes znana po celostni obravnavi žrtev spolnega nasilja. Mukwege je s svojo ekipo oskrbel na desettisoče žensk, poškodovanih med kongovskimi vojnami, ko so uporniki in vojaki sistematično uporabljali posilstvo kot orožje. Mukwege se ni ustavil pri kirurškem zdravljenju, postal je glas teh žensk, zahteval je kaznovanje storilcev in opozarjal svet, da je za krvave konflikte odgovoren pohlep po bogatih rudninah Kivuje.
Njegov pogum ga je skoraj stal življenje, leta 2012 je komaj preživel poskus atentata. Kljub grožnjam se je vrnil in nadaljeval delo. Zaradi neomajne zavezanosti resnici in sočutju je prejel vrsto mednarodnih priznanj, med njimi tudi Nobelovo nagrado za mir (2018), ki si jo je delil z jazidsko aktivistko Nadio Murad. Danes, kot član skupine The Elders, mednarodne skupine uglednih nekdanjih državnikov, političnih voditeljev in mirovnih aktivistov, ki jo je leta 2007 ustanovil Nelson Mandela skupaj z Richardom Bransonom in Petrom Gabrielom, Mukwege ostaja ena najmočnejših moralnih avtoritet sodobne Afrike.
