Padilla je s tožbo uspel na prvi stopnji, prizivno sodišče San Francisca pa mu je zadalo že drugi poraz v prizadevanjih za kaznovanje odgovornih uradnikov nekdanje Busheve vlade. Lani je na zveznem sodišču v Severni Karolini izgubil s podobno tožbo proti nekdanjemu obrambnemu ministru Donaldu Rumsfeldu.
Padilla je bil aretiran maja 2002 v Chicagu in takratni pravosodni minister John Ashcroft je trdil, da je nameraval v ZDA po naročilu teroristične mreže Al Kaida razstreliti radiološko bombo.
Najprej so ga za štiri leta zaprli v vojaški zapor brez dostopa do odvetnika. Padilla trdi, da so proti njemu uporabljali posebne prijeme, med drugim dolgotrajno zapiranje v temi, dolgotrajno izpostavljanje hudemu hrupu, izpostavljanje velikim temperaturnim razlikam in podobno.
John Yoo je za vse te metode v več pravnih mnenjih pripravil pravno podlago. Leta 2001 je tako napisal, da lahko vojska proti terorističnim osumljencem uporablja vsa potrebna sredstva. Naslednje leto je Beli hiši pojasnil, da je mučenje le, če človeku odpovedo organi ali umre, obveščevalni agenciji CIA pa je pojasnil, da je "vodno deskanje" zakonita metoda pri zasliševanju.
Predsednik Barack Obama je leta 2009 metodo, ko mučenemu s krpo na glavi po obrazu zlivajo vodo in ga utapljajo, prepovedal. Obama sicer za te metode nikoli ni uporabil izraza mučenje.
Prizivno sodišče je tožbo zavrnilo z utemeljitvijo, da v obdobju od leta 2001 do 2003, ko je bil sprejet zakon o postopanju z ujetniki, ni bilo jasno, kakšna je natančno definicija mučenja. Takrat je potekala javna razprava o tem in sodišče meni, da uradniki niso mogli vedeti, kaj je dovoljeno in kaj ni.
Padilla je bil obsojen na 17 let zaporne kazni zaradi sodelovanja s terorističnimi organizacijami, čeprav o domnevnem naklepu napada z radiološko bombo na civilnem sodišču, kamor so ga preselili po prepovedi zapiranja ameriških državljanov v vojaške zapore brez obtožbe, ni bilo več govora.
John Yoo je danes profesor prava na univerzi Kalifornije Berkeley.
