Sporazum pravno-formalno potrjuje odnose med Cerkvijo, kanonskim pravom in pravnim redom Slovenije. Ureja pravna vprašanja med Slovenijo in Svetim sedežem ter izhaja iz dvojne narave razmerja med državo Slovenijo in Svetim sedežem kot subjektom mednarodnega prava in hkrati vrhom Katoliške cerkve ter razmerja med Slovenijo in Cerkvijo v Sloveniji.
Slovenija in Sveti sedež sta pogajanja o sporazumu začela leta 1999, a so ta zaradi zapletov na slovenski strani zastala in so se nadaljevala šele po parlamentarnih volitvah v Sloveniji leta 2000. Končana so bila konec leta 2001, sporazum pa sta 14. decembra 2001 podpisala tedanji zunanji minister Dimitrij Rupel in takratni tajnik Svetega sedeža za odnose z državami, nadškof Jean Louis Tauran.
Med pogajanji in tudi še kasneje so se pojavljali dvomi o skladnosti sporazuma z ustavo, slišati je bilo ocene, da sporazum krši suverenost slovenske države, ker Cerkvi priznava neodvisnost od slovenske pravne ureditve.
Sporazum v veljavi od 28. januarja 2004
Vlada se je, da bi odpravila dvome o skladnosti sporazuma z ustavo, januarja 2002 ob sprejetju predloga zakona o ratifikaciji odločila sporazum poslati v presojo ustavnemu sodišču. To je jeseni 2003 presodilo, da sporazum ni v neskladju z ustavo, a le, če se razlaga, da bo Cerkev pri svojem delovanju v Sloveniji upoštevala pravni red države.
DZ je nato sporazum s 44 glasovi za in 12 proti ratificiral 28. januarja 2004, v veljavo pa je stopil 28. maja istega leta, ko sta tedanji premier Anton Rop in državni tajnik Svetega sedeža Angelo Sodano v Vatikanu izmenjala ratifikacijski listini.
Po sklenitvi vatikanskega sporazuma se Cerkev zavzema tudi za sklenitev področnih sporazumov, kakršen je sporazum o ustanovitvi vojaškega ordinariata, ki bi skrbel za duhovno oskrbo vojakov in policistov in bi ga vodil škof, cerkvenopravno pa bi bil izenačen s škofijo. V slovenski politiki so mnenja glede potrebe po ustanovitvi ordinariata deljene.
Po podatkih spletne strani Wikipedia ima sporazume s Svetim sedežem, pogosto imenovane konkordat, sklenjenih 15 od 27 članic EU, poleg Slovenije še Nemčija, Avstrija, Španija, Francija, Italija, Portugalska, Luksemburg, Estonija, Madžarska, Latvija, Litva, Malta, Poljska in Slovaška.
