Kot piše Žurnal24, pa strokovnjaki bodočo slovensko vlado opozarjajo, naj bo pri preoblikovanju ministrstev pozorna, da ne bi črpanja ogrozili. Vsako večjo spremembo v institucionalnem okviru črpanja sredstev - denimo spremembo števila ministrstev ali drugih organov - mora namreč Evropska komisija (EK) proučiti in odobriti, to pa lahko povzroči celo začasno zaustavitev črpanja sredstev.
SDS, največja koalicijska stranka, zagotavlja, da se črpanje ne bo ustavilo in da je ta teza v celoti zgrešena.
Pred začetkom finančne perspektive 2007–2013 je morala Slovenija v Bruselj poslati institucionalni okvir črpanja evropskih sredstev. To, če je zmanjšanje števila ministrstev oziroma njihovo prestrukturiranje, ki ga je sprejela nova koalicija, večja sistemska sprememba, bo presodila EK.
Na Službi Vlade Republike Slovenije za lokalno samoupravo in regionalno politiko (SVLR) so za brezplačnik pojasnili, da na podlagi izkušenj zgolj premeščanje organov v okvir enega ali drugega ministrstva ne bi smelo biti razlog nove akreditacije, ki bi ogrozila črpanje sredstev tik pred iztekom finančne perspektive. Opozarjajo pa, da da bi sprememba arhitekture sistema izvajanja - na primer število organov upravljanja - na drugi strani skoraj neizogibno predstavljalo spremembo, ki bi zahtevala poglobljeno in podrobno akreditacijo. Ta postopek bi lahko trajal tudi nekaj mesecev.
Na SVLR tudi opozarjajo, da so sredstva evropske kohezijske politike ključna pri novih zaposlitvah in so v času krize še posebno pomembna. Zato si v sistemu izvajanja evropske kohezijske politike želijo čim manjših posegov. Verjamejo, da bodo ta dejstva vzeta v obzir pri snovanju institucionalne strukture v okviru nove vlade.
Matej Lahovnik, nekdanji minister za gospodarstvo, opozarja, da bi v Bruslju večje težave lahko nastale predvsem, če bi želela nova vlada evropska sredstva z enega področja, na primer prometa, prenesti v denimo spodbujanje podjetništva. Tega pa jih je strah tudi na lokalni ravni. Staša Baloh Plahutnik iz zasavskega regionalnega centra za razvoj je za brezplačnik pojasnila, da večletni projekti niso ogroženi, lahko pa se zgodi, da zaradi različnih prioritet ne bi izpeljali novih. Plahutnikova opozarja, da bo pred iztekom finančne perspektive za regionalni razvoj na voljo le še en večji razpis. Pričakujejo ga čim prej in upajo, da zaradi reorganizacije ministrstev ne bo zamujal.
Administrativne spremembe lahko po mnenju Evropske komisije vodijo do določenih motenj pri upravljanju evropskih sredstev. Ne želijo pa predpostavljati, da se bo to dejansko zgodilo. Zagotavljajo pa, da če bodo napovedane spremembe izpeljane skladno z evropskimi pravili o upravljanju evropskih sredstev, izplačilo sredstev ne bo ustavljeno.