Računsko sodišče je med drugim ugotovilo, da sklad ni pozival neplačnikov prispevka za vzpodbujanje zaposlovanja invalidov k plačilu. Prav tako je premalo nadziral izpolnjevanje kvote za zaposlovanje invalidov in ni sprejel splošnih pogojev poslovanja. Vplačani prispevek v sklad je bil zato manjši, kot bi lahko bil in so terjatve iz neplačanega prispevka 31. decembra 2009 znašale 11.422.712 evrov.

Sklad tudi ni dovolj jasno oblikoval meril za izbor programov, načina določitve sofinanciranja, upravičenih stroškov in načina izplačevanja sredstev, da bi lahko uspešno izvedel javne razpise za druge vzpodbude. Tako je na primer za sofinanciranje izbral program, katerega vloga ni vsebovala vse dokumentacije, prav tako v skladu niso preverjali, ali prijavitelji izpolnjujejo vse pogoje. Rok za dokončanje programov je podaljšal po roku, določenem v javnem razpisu, sredstev za programe pa ni nakazoval določenem v roku.

Sklad bi moral vladi tudi predlagati, da odloči o uporabi presežka iz sredstev za delo sklada, česar ni storil, za financiranje svojega delovanja pa je od ministrstva za delo, družino in socialne zadeve zahteval vsa načrtovana sredstva.

Nepravilnosti je računsko sodišče ugotovilo tudi pri izplačilu plač in dodatkov ter napredovanjih zaposlenih na skladu.

V nasprotju z zakonom o javnem naročanju so oddali naročilo za izvajanje računovodskih storitev, opravljanje nadzora ter za vodenje postopkov izterjave. Za vse te storitve je sklad v letih 2008 in 2009 izplačal skupaj 111.316 evrov. Poleg tega pa so samostojne podjetnice, ki so te naloge izvajale, imele s skladom sklenjene pogodbe, ki so imele znake delovnega in ne obligacijskega razmerja.

Ministrstvo za delo, družino in socialne zadeve pa je ravnalo narobe, ko je sredstva za financiranje delovanja sklada v celoti zagotovilo iz državnega proračuna, ne da bi upoštevalo tudi presežek prihodkov nad odhodki iz sredstev za delo sklada iz preteklih let. Prav tako niso podrobneje, z nadzori preverjali, ali sklad uresničuje prave cilje na pravilen in ustrezen način in tako niso primerno ukrepali.

Računsko sodišče je za odpravo ugotovljenih nepravilnosti in nesmotrnosti od sklada zahtevalo izvedbo popravljalnih ukrepov in predložitev odzivnega poročila. Že med revizijo pa je sklad sprejel Pravilnik o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest, vlada pa je na predlog sklada sprejela sklep o porabi celotnega presežka prihodkov nad odhodki iz sredstev za delo sklada iz leta 2010 in neporabljenega presežka preteklih let za financiranje delovanja sklada v letu 2011.

Za izboljšanje poslovanja je računsko sodišče skladu in ministrstvo izdalo tudi nekaj priporočil, med drugim predlagajo tudi analizo, ki bi pokazala, ali ne bi bilo morebiti bolje, da bi naloge sklada izvajali v okviru ministrstva za delo, družino in socialne zadeve.