Razveljavilo je določbe zakona o verski svobodi, ki določajo pogoje za registracijo verskih skupnosti, in določbe, ki zadevajo duhovno oskrbo v zaporih, bolnišnicah in se nanašajo na zaposlovanje duhovnikov. Glede izpodbijanih določb zakona o verski svobodi, ki urejajo gmotno podporo za registrirane verske skupnosti, pa ni pritrdilo pritožniku. Po mnenju US je dopustna podpora vsake registrirane verske skupnosti, ki ustreza opisu splošnokoristne organizacije, se pravi, če si prizadeva za osmišljanje bivanja na področju verskega življenja, se zavzema za duhovnost in človekovo dostojanstvo. Pri določanju navedenega pa je potrebna velika mera občutljivosti.
Preostri pogoji za registracijo
Prvi odstavek 13. člena, po katerem se lahko cerkev ali verska skupnost registrira, če ima najmanj 100 članov, slovenskih državljanov ali tujcev s stalnim prebivališčem v Sloveniji, če deluje v Sloveniji zadnjih deset let ali je že 100 let poznana v svetu, je US razveljavilo, ker so takšni pogoji preostri. S svojim součinkovanjem tako zožujejo človekovo pravico do svobodnega delovanja verskih skupnosti, da pomenijo poseg vanjo, ta pa ni bil utemeljen, so menili. Razveljavili so tudi člena, ki verskim skupnostim nalagata dokazovanje teh pogojev (prva in peta točka 14. člena). Ustavno sodišče je ob tem zakonodajalcu dalo eno leto časa, da drugače uredi merila za registracijo, ki je, poudarja sodišče, razumna zahteva države, oziroma za izvrševanje pravic glede na registracijo. V okviru meril za registracijo, so zapisali, lahko država predpiše tudi minimalno članstvo, ki pa ne sme predstavljati previsokega praga.
Glede določb o zaposlovanju duhovnikov v zaporih in javnih bolnišnicah je ustavno sodišče zapisalo, da 41. člen ustave niti posameznim vernikom niti verskim skupnostim ne daje pravice do zagotovitve javnih finančnih sredstev za uresničevanje svobode veroizpovedi v teh institucijah. To pomeni, da država v teh zavodih ni dolžna zaposlovati duhovnikov, ne pomeni pa tega, da je ustavno sporna vsaka finančna podpora verskim skupnostim v ta namen. Mera dopustnega sodelovanja je po mnenju US prekoračena le v primeru, ko država (ministrstvo) - ne da bi bilo to nujno za uresničevanje človekove pravice iz prvega odstavka 41. člena ustave - z duhovnikom sklene delovno razmerje. V tem primeru bi bil kršen sedmi člen ustave.
Podpora da, zaposlovanje ne
Očitek v zahtevi za oceno ustavnosti, da zakon ni opredelil kriterijev za določanje upravičencev do verske duhovne oskrbe v zaporih, javnih bolnišnicah in socialnovarstvenih zavodih, pa po mnenju US ni utemeljen. Podobno so razsodili tudi glede očitka, da ni kriterijev za določanje upravičencev do verske duhovne oskrbe v vojski in policiji. US je med drugim tudi menilo, da v vojski ali policiji ni poseženo v versko svobodo neverujočih ali drugače verujočih zgolj s tem, ker eni imajo možnost verske oskrbe - tudi z udeležbo pri verskem obredu, ki ga organizacijsko ali finančno zagotavlja država - drugi pa ne. Država bi ravnala napačno le v primeru, če bi vplivala na voljo pripadnikov vojske pri odločanju.
Ločeni mnenji
Sodnika Marija Krisper Kramberger in Miroslav Mozetič sta sodbi priložila delno pritrdilni in delno odklonilni mnenji; Mozetiču, ki med drugim meni, da z zaposlitvijo duhovnika v javnih bolnišnicah in zaporih nikakor ni kršena ustava, se je v delno odklonilnem ločenem mnenju pridružil tudi Mitja Deisinger.
