Kot je dejal nekdanji šolski minister in eden glavnih akterjev bolonjske prenove študija v Sloveniji Pavel Zgaga, je to približno tako, "kot da bi se naučili prvih petih črk abecede in dobili ambicijo, da napišete roman". Zgaga sicer pozdravlja bolonjsko reformo kot tako, je pa po njegovo Slovenija "definitivno zamudila bolonjsko priložnost". Rektor Univerze na Primorskem Rado Bohinc je izpostavil problem neprimerljivosti starih in novih, bolonjskih, stopenj oz. nazivov. Poleg tega je opozoril, da bolonjska prenova, ki je terjala večje število programov in nove metode dela, ni bila podprta z dodatnimi vlaganji.

Prav tako ostaja mnogo nedorečenosti, meni Bohinc, ki je spomnil na vprašanje financiranja druge in tretje stopnje študija kot tudi na nedorečenost podzakonskih aktov, npr. glede absolventskega staža. Bohinc, ki je tudi predsednik rektorske konference, je ob napovedi ministra za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo Gregorja Golobiča o pripravi posebnega zakona za zagotavljanje kakovosti pojasnil, da v tem primeru univerze ne bodo vztrajale, da v osnutku zakona o univerzi ostanejo členi o agenciji za kakovost. Si pa zato Bohinc želi, da bi se osnovne zamisli, do katerih so člani rektorske konference v tem osnutku prišli, uveljavile v novem zakonu.

Slovenske univerze imajo pri bolonjskem sistemu težave na različnih stopnjah 

Po mnenju rektorice Univerze v Ljubljani Andreje Kocijančič niso bile univerze same krive, da niso uspele izpeljati vsebinske prenove študija. "Mi nismo imeli pravih smernic za prenovo študijskih programov," je poudarila ter dodala, da je razdeliti stare univerzitetne študije na formulo 3+2 ali 4+1 morda formalno enostavno, zato pa je vsebinsko težje. Po njeno se tako nahajamo šele na začetku prenove študija. Da slovenske javne univerze do danes niso presegle miselnosti iz časov socializma, ki se je bala močnih, avtonomnih univerz, pa je ocenil rektor Univerze v Mariboru Ivan Rozman.

Med konkretnimi problemi je Rozman med drugim navedel težave pri oblikovanju interdisciplinarnih programov in pa izvedbe predavanj na več fakultetah. Prav tako obstajata problema neenotnih habilitacij celo za posamezno področje za celotno univerzo ter vključevanja v širše evropske projekte. Predsednik Univerze v Novi Gorici Danilo Zavrtanik je kot dodatno napako bolonjske prenove v slovenskem visokošolskem sistemu navedel to, da se je njegova uvedba "razmazala" na pet let. Zaradi tega smo danes po njegovem šele na začetku z uvajanjem bolonjskega sistema, kar dokazuje dejstvo, da imamo malo "bolonjskih" diplomantov.

Problemi s financiranjem, z mentorstvom in tutorstvom

Novogoriška univerza je imela po njegovo to srečo, da je stara približno toliko kot bolonjski proces, zaradi česar je veliko programov nastalo neposredno kot bolonjskih. Med odprtimi vprašanji je Zavrtanik med drugim ocenil, da je bolonjski tretjestopenjski tj. doktorski študij prekratek. Prav tako bi bilo treba po njegovo na novo premisliti smiselnost delitve na strokovno višješolsko izobraževanje in prvostopenjski bolonjski študij. Zavrtanik tudi meni, da delujoč bolonjski študij ne potrebuje absolventskega staža.

Po besedah člana sveta za visoko šolstvo in predsednika senata za akreditacijo Jožeta Flaškerja pa "ni zakona, ki bi univerzam in fakultetam preprečeval, da bi bile kakovostne". Med obstoječimi problemi je sam navedel razkorak med visokim številom vpisanih študentov in tistih, ki na koncu diplomirajo, zlasti v predvidenem roku. Poleg tega Flašker opozarja na probleme, povezane s financiranjem. Tako tutorstvo in mentorstvo še nista polno zaživela, premalo je prostorov za izvajanje študija, pa tudi število študentov na predavatelja je previsoko.

Predstavnica Študentske organizacije Slovenije Jelena Štrbac pa je problematizirala status študentov, ki so začeli študij v skladu s starimi programi in so nato "padli" v bolonjske programe. Prav tako je po njeno problem tudi implementacija sistema izračuna kreditnih točk.