Frantar je bil zaradi spolne zlorabe takrat še ne desetletne deklice kot prvi slovenski duhovnik pravnomočno obsojen na zaporno kazen. Sojenje Frantarju za kazniva dejanja izpred več kot 20 let bi se moralo začeti že pred več leti, a se ta ni odzival na vabila sodišča, nekaj časa je bil tudi v tujini.
Primer se je s pravnomočno obsodbo zaključil decembra 2008, ko so ljubljanski višji sodniki Frantarju izrekli petletno zaporno kazen. Frantar se je nato več kot leto dni z zdravniškimi potrdili izogibal odhodu v zapor, kazen pa je aprila 2010 začel prestajati v zaporu Dob pri Mirni.
