Sodišče mu je poleg tega naložilo plačilo 25.000 evrov stranske denarni kazni, v imenu Primorja v stečaju pa mu je dosodilo plačilo 1,387 milijona evrov.
Državna tožilka Damjana Bandelj je sicer zahtevala tri leta in osem mesecev zaporne kazni ter plačilo 25.000 evrov in stroškov postopka, Črnigojeva odvetnika Janez Košak in Danilo Grilj pa oprostilno sodbo, saj po njunem mnenju krivda ni bila dokazana.
Sodna pooblaščenka Primorja Sabina Mikulin pa je v imenu Primorja v stečaju zahtevala plačilo 1,4 milijona evrov, za kolikor naj bi domnevno Črnigoj kot odgovorni v tem primeru skupaj s sodelavci oškodoval podjetje, ki ga je tedaj vodil.